九一一恐怖主義襲擊后，日本以異常鮮明的態(tài)度支持美國反恐，并采取了十分積極的行動。(32)2001年9月19日，小泉宣布實施援美反恐的七項措施。10月18日和29日，日本眾參兩院迅速通過政府提出的《恐怖對策特別措施法》等三個法案，12月7日，日本國會又通過《聯(lián)合國維和活動合作修正案》，使日本突破了《和平憲法》關于直接參與海外軍事行動的禁令，放寬了日本向海外派兵和自衛(wèi)隊使用武器的范圍，為日本派遣自衛(wèi)隊向在阿富汗作戰(zhàn)的美軍提供后勤支援掃清了法律障礙。隨后從2002年4月到2003年3月僅僅不到一年之內(nèi)，小泉內(nèi)閣又連續(xù)制定近10個與美國反恐戰(zhàn)爭相關的國內(nèi)法案，將對美國的支持具體化，同時借此繼續(xù)擴大自衛(wèi)隊的權限，使自衛(wèi)隊獲得了第二次世界大戰(zhàn)以后最大的活動空間。
2003年3月伊拉克戰(zhàn)爭打響后，小泉又積極配合，日本相繼成立了《應對武力攻擊事態(tài)法》等“有事法制”的三項立法。這些法律依據(jù)布什“先發(fā)制人”的理論規(guī)定，只要預測到存在被武力攻擊的危險，日本就可以出動自衛(wèi)隊進行防衛(wèi)作戰(zhàn)；在發(fā)生緊急情況時，首相可以不經(jīng)過安全保障會議和內(nèi)閣會議直接調(diào)動自衛(wèi)隊、警察和地方政府力量。以此為依據(jù)，2004年2月，小泉政府正式將550名全副武裝的陸上自衛(wèi)隊隊員派往伊拉克戰(zhàn)區(qū)，這是日本應美國要求首次向戰(zhàn)爭發(fā)生地區(qū)派兵，是第二次世界大戰(zhàn)結束以來日本在海外派兵問題上的重大突破，也是美日同盟關系的重大突破。③
在上述合作過程中，美日兩國實際上建立了聯(lián)合武裝干預地區(qū)安全事務的新體制，這符合雙方的利益。美國的主要目標是保持在這一地區(qū)的主導地位，同時在美日同盟的框架內(nèi)讓日本發(fā)揮更大的作用，承擔更多的責任。日本的主要目的是在雙邊關系中發(fā)揮更大作用的同時，在地區(qū)和國際事務中開展更積極的雙邊、多邊活動，爭取更大的空間和發(fā)言權，提升自己的國際地位。雙方在合作過程中達到了各自的目的。小泉借助于反恐名正言順地獲得自衛(wèi)隊走出國門的法律權利，并在國內(nèi)為修改憲法培養(yǎng)了社會氛圍。沒有反恐戰(zhàn)爭的背景，他要在國內(nèi)通過上述法律會遇到不可克服的障礙。根據(jù)國防部長唐納德?拉姆斯菲爾德(Donald Rumsfeld)的“軍事革命”主張，2004年8月16日，布什宣布了自朝鮮戰(zhàn)爭以來最全面的重組美國海外駐軍的計劃，關于東北亞，布什說：“我們正與我們最強大的盟友一起重構我們的軍事存在和指揮結構，同時改善在該地區(qū)的能力”。(34)小泉政府立即響應。2004年12月10日，日本防衛(wèi)廳出臺了新版的《防衛(wèi)計劃大綱》，宣布“將建立一支更加靈活機動的部隊，使其能夠迅速應對恐怖主義活動、導彈襲擊和無賴國家”，并首次指名朝鮮和中國是引起日本安全擔憂的不確定、不透明因素。(35)2005年2月，美日“2+2”會議就把美日繼續(xù)合作的主要目的從反恐轉(zhuǎn)向了應對亞洲的新局勢，朝鮮半島和臺灣海峽安全問題列為兩國的“共同戰(zhàn)略目標”。
2005年10月29日，在美日“2+2”會議出臺的《美日同盟：面向未來的變革和改組》是這一時期的一個重要文件。文件對美日同盟進行了“再定義”，同盟關系被定位為“應對全球性挑戰(zhàn)”，強調(diào)為實現(xiàn)地區(qū)和全球的共同戰(zhàn)略目標而緊密合作，并列出了合作的主要領域。(36)文件重申，“美國在亞太地區(qū)的駐軍是地區(qū)和平和安全不可或缺的一個核心力量，對美日兩國都是至關重要的”；同時又表示，要減輕當?shù)厣鐓^(qū)，尤其是沖繩民眾的負擔，為此決定采取“一整套措施”，加快搬遷普天間機場。2006年1月的“2+2”會議為落實美軍整編的協(xié)議制訂了“路線圖”。雙方認為，落實美軍整編協(xié)議將使同盟的合作進入新階段。(37)至此，美日同盟的又一次調(diào)整完成。
2006年6月底，小泉在執(zhí)政五年半即將卸任之際訪美，做告別之旅。6月29日，美日發(fā)表題為《新世紀的美日同盟》的聯(lián)合聲明。聲明一開始就異乎尋常地說，小泉的訪問是為了“慶祝兩位領導人密切的個人友誼和美日兩國人民之間深入的不斷增長的關系”，盛贊美日同盟“是歷史上最富有成果的雙邊關系之一”。(38)似乎是為同盟的第二次調(diào)整做了總結。
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