第二次調整不僅落實了1997年的《美日防衛合作指針》，實際上超越了《指針》的規定的范圍?！吨羔槨分兄皇翘岬搅恕爸苓吺聭B”，而阿富汗、伊拉克是無論如何不能算日本的周邊的。這次調整與以往不同，是先有實踐，后有文件。日本自衛隊已經這么做了，然后再在雙邊文件中予以肯定，實現了新的超越。戰后五十年來，美日同盟基本上是日本向美軍提供基地、美軍負責保護日本這種“單向的依附性同盟”，現在轉變為在世界范圍內的“聯合軍事行動”。日本利用國際安全局勢的變化，配合美國軍事部署和安全戰略的調整，不斷擴大同盟的適用范圍，從“周邊事態”擴大到了印度洋和中東地區；同時，隨著駐日美軍的調整，日本正在變成美國在東半球實施前沿部署的指揮中心和后勤支援中心，雙方的軍事合作更加密切。
總之，在布什政府第一任期內，美日兩國的政治互信和安全合作都達到了前所未有的高度。美國的知日派精英對此予以肯定。阿米蒂奇在離任時也滿意地表示，“我們已經完成了《阿米蒂奇報告》的目標，對于過去四年取得的進展我非常興奮?！?39)2007年2月，由阿米蒂奇和約瑟夫?奈牽頭，出臺了第二個報告，題為《美日同盟：到2020年亞洲的正確方向》。報告強調，美日同盟依然是美國在本地區“最重大的戰略資產”，“在過去幾年中安全方面已經大大成熟了”，日本在阿富汗和伊拉克戰爭中的作為已經表明，日本要超越東亞的地理范圍做出安全方面的貢獻。為了確保亞洲直到2020年都是正確的，首先就要使美日同盟是正確的。為此，在經濟方面要努力推進美日全面的自貿協定，并使之成為地區市場經濟的軸心。在安全方面，雙方應該加強在防擴散、導彈防御系統、維和、救災、人道主義救援等方面的合作。(40)
三 奧巴馬任內美日同盟的調整
2006年9月，小泉政權結束，美日之間的蜜月(或者說布什與小泉的蜜月)也隨之完結。日本政壇進入了一個動蕩時期，美日關系中又出現了諸多問題。
最主要的是關于普天間機場的搬遷問題。普天間機場位于沖繩縣宜野灣市，是駐日美軍海軍陸戰隊的重要基地。當地住宅密集，一旦發生事故必將傷及平民；平日飛機起降噪聲震天，附近居民不堪其擾，一直要求美軍撤走基地。1995年9月的強奸案后，要求歸還機場的呼聲愈加高漲，10月21日，約有8.5萬名沖繩民眾走上街頭游行。1996年12月，美日“2+2”會議決定，日本在沖繩名護市邊野古建設替代設施，美軍將普天間基地歸還日本。但名護市又掀起了反對基地運動。經過一再交涉，美日雙方于2006年5月達成協議，放棄上述方案，改在名護市施瓦布軍營沿岸以填海造地興建呈V字形的兩條長1800公尺的直升機跑道。日方需在2014年前完成替代設施，在替代設施啟用后美方歸還普天間機場，并將海軍陸戰隊8000人及其眷屬9000人從沖繩遷往關島。但沖繩民眾不同意這個方案，他們繼續抗爭，要求撤銷普天間機場。
2009年9月，日本民主黨聯合社民黨和國民新黨上臺執政。民主黨在競選綱領中制訂了新政策，包括在美軍整編、駐日美軍基地問題上進行交涉，修改2006年5月的協定；致力于構筑東亞共同體，強化亞洲外交。鳩山由紀夫在競選時表示要把普天間機場遷到縣外或國外，他甚至提出“美軍有事駐留”的方案，即美軍只在出現緊急情況時駐留日本，平常不在日本常駐。民主黨干事長小澤一郎也表示，美國海軍第七艦隊就足以保證美國在遠東地區的地位。這自然引起美國的高度關注和強烈不滿。鳩山由紀夫當政后面臨著美國的強大壓力，在普天間機場問題上搖擺不定。(41)而社民黨則堅持反對原轉移方案。奧巴馬政府在此問題上毫不讓步。2009年10月，國防部長羅伯特?蓋茨(Robert Gates)訪問東京，為11月奧巴馬的訪問進行前期準備工作，催促日本盡快履行普天間機場搬遷計劃。民主黨政府提出重新審議此事，遭到美方嚴詞拒絕。10月21日，蓋茨在離日赴韓國前的記者招待會上強烈警告說，如果現在的基地轉移協議不能實施，重新部署美軍的所有計劃都將作廢。(42)次日，參謀長聯席會議主席麥克?馬倫(Mike Mullen)也在美國駐東京大使館的記者招待會上說，如果現行方案無法實施，日本以及亞太地區的安全，將難以得到充分保障?，F行方案是雙方花費了近15年時間反復檢討的結果，必須予以尊重。在美國施壓之下，鳩山被迫回到2006年方案。2010年5月4日，鳩山親訪沖繩，為其無法實踐選舉時的承諾向沖繩民眾表達歉意。5月28日，美日“2+2”會議發表聯合聲明，重申普天間機場的搬遷方案，并稱最遲將在2010年8月底以前完成替代設施位置、施工方案的審查工作。(43)2010年6月，因普天間機場搬遷問題而內外交困的鳩山辭職，民主黨人菅直人接任首相。
美日在普天間機場搬遷問題上的頂牛引起了兩國輿論廣泛關注。親美的《產經新聞》、《讀賣新聞》連續刊登美日本學者的文章或發表專論強調，在朝鮮開發核武和中國崛起的背景下，鳩山內閣不應受到左派小黨綁架，不應將涉及國家安全的重大決策交由沖繩地方民意來決定，要求尊重美日已經達成的共識。《朝日新聞》等立場中立的報刊也呼吁鳩山政府不要因普天間機場的問題而損害日美關系。(44)
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