美國智庫和學者也紛紛發聲。有呼吁鳩山從戰略層面、政治層面考慮同盟關系的，也有奉勸奧巴馬政府更加耐心的。2010年12月16日，美國傳統基金會(Heritage Foundation)發表報告，批評鳩山政府過多考慮國內政治，要求日方負起地區與全球的安保責任。但美國媒體和學者也建議美國方面不要操之過急，不要對鳩山政府過度施壓。2010年，《華盛頓郵報》發表題為《奧巴馬政府對日本是否過于強硬了？》的社評，其中說，鳩山雖然在基地搬遷問題上舉棋不定，但他畢竟還是保證承擔同盟義務的，不像有的小黨那樣要讓所有美國軍隊撤出日本。“奧巴馬政府避免嚴厲的措辭，并給他一些空間是明智的”，“再給他一點時間吧”。(45)2010年1月7日，約瑟夫?奈也致書《紐約時報》說，在鳩山面臨著內外壓力的情況下，美國需要更大耐心，并從更高戰略層面來對待日本，不要因小失大。美國的過度壓力只會引起日本民眾的反美情緒，讓美國付出慘重代價。(46)在沖繩施政權歸還40周年之際，美國國務院還特地發表聲明，表示“我們認識到美軍基地對沖繩的影響，會著手解決問題”，強調會繼續采取措施減輕基地對沖繩的負擔。(47)

另一問題是日本對待中國的態度。2007年9月到2008年9月，福田康夫任首相。20年前，福田康夫的父親福田赳夫任首相期間，發表了被稱為“福田主義”的政見，認為日本外交不應該以日美關系為中心進行被動調整，而應持有更開闊的視野，尤其要加強與亞洲國家的關系，承認民族多樣性，以對等立場進行合作；支持東盟強化自主性；他還承諾日本不做軍事大國。(48)正是在他任內，1978年10月鄧小平訪問日本，兩國簽訂了《中日和平友好條約》。福田康夫深受其父影響。在他當政的一年中，中日關系明顯改善。2008年5月，胡錦濤主席對日本進行了成功的訪問，雙方發表了《中日關于全面推進戰略互惠關系的聯合聲明》(中日第四個政治文件)。(49)2009年9月，鳩山由紀夫當政后，在與中、韓領導人接觸時多次提及東亞共同體的建設，以區域經濟一體化為基石，通過自由貿易區、經濟共同體、貨幣聯盟等形式，進一步發展為安全共同體和社會共同體，最終形成與美國、歐盟并列的第三極。美方對此提議表示強烈不滿。助理國務卿庫爾特?坎貝爾(Kurt Campbell)立即表示，在任何亞太地區的一體化進程中都不能排除美國。正是在美日就普天間機場搬遷問題吵得不可開交之時，12月10日，民主黨干事長小澤一郎率領包括143名民主黨籍國會議員在內的龐大的代表團訪問北京，受到胡錦濤主席的接見。不僅如此，小澤的心腹、國會對策委員長山岡賢次14日在上海出席研討會致辭時也提出，應強化日中關系，以利發展“日美中等邊三角形關系”。(50)

美日之間還存在其他一些問題。首先是朝核問題。在此期間，關于朝核問題的六方會談正在進行。2005年9月發表了各方的《第四輪六方會談共同聲明》，美朝雙方表現出明顯的和解傾向。日本關注“綁架問題”，每次會議必提此事。美國主管六方會談的助理國務卿克里斯托弗?希爾(Christoph Hill)一再批評日本代表提出綁架問題，雙方對對方都有不滿。(51)日本媒體認為美國做出了令人難以置信的讓步，日本政府內部開始有人懷疑美朝背著日本做交易；第二是日本閣僚對美國發動伊拉克戰爭的批評。2007年1月剛剛上任的日本防衛大臣久間章生在24日的一次講話中批評布什政府發動伊拉克戰爭“是一個錯誤”。幾天后，他在談到普天間機場的搬遷問題時又批評美國態度傲慢，稱美國“完全不理解”“我們必須與沖繩地方官員進行良好合作”這樣的基礎工作的重要性。(52)久間言論當然引起美國不滿，美國副總統迪克?切尼(Dick Cheney)2月訪日時拒絕會見久間章生；第三，安倍上任后隨即訪問了中國與韓國，后又出訪非洲和東南亞國家，而對美國的訪問被安排在上任七個月之后。第二次世界大戰以后日本首相上任后的首次出訪選擇美國已經成為慣例，具有向美國“報到”的意涵。安倍破了在這個慣例，不僅如此，而且在他上任七個月之內，日本的外務大臣、防衛大臣均未訪美。安倍希望改變完全依賴美國的外交格局的這些舉動令美國不安和不滿。

這樣，從布什政府的后期到奧巴馬政府前期，尤其是在日本民主黨首相鳩山、菅直人任內，美日關系又因為普天間機場的搬遷問題、日本國內的民族主義情緒、民主黨政府對美態度的變化等因素變得磕磕絆絆。奧巴馬當政以后，迅速結束了伊拉克戰爭和全球反恐戰爭，并決定結束阿富汗戰爭，把戰略重心東移到亞太地區，2011年11月，奧巴馬政府正式提出了亞太再平衡戰略，表現了確保美國在亞太地區主導權的強烈意圖。加強美國的同盟體系是確保以美國為軸心的安全結構的關鍵。美日同盟的這種“漂流”顯然與美國的再平衡戰略很不協調。奧巴馬政府急需把美日同盟體系納入到美國亞太新戰略的軌道，賦予日本和美日同盟新的重要角色。正如副國務卿威廉?伯恩斯(William Burnes)所說，“毫無疑問，我們與日本的同盟條約是我們的戰略轉向亞太地區的支點”。(53)在美國實力相對下降的時候尤其如此。

美國“知日派”對美日同盟的“漂流”感受更為強烈。2012年8月，以阿米蒂奇和約瑟夫?奈為首的研究團隊再度發布報告，即第三個《阿米蒂奇報告》。報告一開始就毫不掩飾對同盟關系在民主黨首相任內的“漂流”表示不滿，以教訓的口吻說，現在該是日本做出決定的時刻：它是要繼續做第一流國家，還是心甘情愿淪為第二流國家。如果日本人民和政府覺得第二流挺好，那么這個報告就沒有什么用了。報告對雙方因普天間機場搬遷問題的爭執批評說：“結果是，一個第三等的問題，海軍陸戰隊的一個機場這樣的問題占用了本來可以用來規劃今后幾十年中武裝力量的最佳結構的時間和政治資本”。報告分析了亞太形勢，朝鮮發展核武器和中國的復興，分析了日本所面臨的問題，尤其是在2011年3月日本東北部大地震和福島核電站事故后的能源和核能問題，就如何加強美日同盟，兩國政治、安全、經濟和其他方面的關系，包括加強在雙邊軍事演習中的合作，聯合開發、生產和部署先進武器，導彈防御系統等提出了諸多具體建議。如同以前的報告一樣，該報告也呼吁解禁集體自衛權，指出，禁止使用集體自衛權阻礙了在必要時最大限度發揮同盟的潛力，遇到需要保衛日本利益的最嚴重情況時，兩國軍隊不能共同防衛日本。報告最后強調：

日本正處在一個重要的關鍵點上。在這個具有重要戰略意義的時刻，日本有能力在自滿自足和領導作用之間作出抉擇。“錯過了這個機會”日本將再也不會有同樣的機會來幫助引導地區的命運。如果選擇領導作用，日本將能確保一流國家的地位，以及它在同盟中作為平等伙伴必須起到的作用。(54)

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