1912年11月，隨著俄-蒙簽署保證蒙古自治權的協議，這種擔心達到頂峰。根據七月份的秘密但卻廣為流傳的《日俄密約》（Russo-Japanese Entente），日俄兩國確立了各自在東北和蒙古的勢力范圍。 在俄蒙協議中，俄國承認了蒙古的“自治”，承諾幫助蒙古防止中國軍隊或移民進入蒙古地區；作為回報，俄國在這一地區得到大量的商業利益。對此，中國給予了迅速且憤怒的反應。全國軍政人士立即在報紙上發表強硬的議論，呼吁民國政府采取軍事行動。在國會選舉中很快要獲勝的國民黨中的民族主義者們尤為直言不諱，給袁世凱總統施加了很大的壓力。

在公共輿論對俄蒙協議的嘩然中，尤為值得注意的是，任何有關蒙古人的意愿甚至對蒙古在新共和國中地位的討論都完全消失了。當時的問題完全是俄國對中國事務的干涉。正如一篇文章所說，“這不是內部事務，而是對外”，中國面臨著帝國主義分裂國家的威脅。為了保衛新的共和國，使國家免受分裂，人們紛紛展開反帝的宣傳動員，這就壓制了“誰應成為國家一部分”的討論。由于蒙古與俄國行動一致，蒙古人遂被認為無權獨立代表自己的國家，于是這也不再是中國內部邊疆問題的辯論主題。至此，討論全集中到對俄國的抵制。

但是俄蒙協議使問題進一步復雜化。雖然該協議支持蒙古自治，但協議本身并沒有具體說明自治后蒙古的邊界。這并非純屬偶然，因為包括內蒙古的激進主義分子在內的烏蘭巴托的蒙古人堅持建立一個大蒙古國。這個大蒙古國的國土即是清朝統治下的蒙古人居住地。不過，俄國人的興趣主要在外蒙古，而且他們已經承認日本享有與東北接壤的內蒙古地區的特權。日俄的妥協導致邊界未定，很快大蒙古民族主義者就開始支持對居住在內蒙古的漢人發動襲擊。在多數受到沖擊的地區，漢族人口都占絕大多數，一些地區甚至占到95%。因此，這些蒙古人的襲擊被看成是對中國領土的叛亂性攻擊。因為蒙古人被視作俄國人的走卒，所以，發生在邊疆地區的侵擾只會加劇中國人擔心失去蒙古會危及中國北方的擔心。

同樣，在西藏邊疆也存在同樣的問題。在現代的中國西藏問題中，一直存在的困難之一是劃定西藏邊界。尤其是中國人拒絕拉薩當局（今天達蘭薩拉的西藏流亡政府）所聲稱的要建立起一個包括四川東部康區和青海藏人地區在內的“大藏區”。1912年西藏宣布獨立后不久，拉薩當局就派軍隊去進攻處在爭議地區的中國哨所。1914年，中國政府、藏人和英國人試圖通過談判決定西藏的新地位，在談判中，中國政府愿意給予達賴喇嘛在外藏（或中藏，依人觀點而定）的完全自治權，但協定最終并未決定西藏的地域范圍。

1908年的袁世凱

在內地和外圍民族之間的交界地帶，尤其是東北、內蒙古和新疆，由于清代漢族人口翻了三番而導致的人口爆炸，驅使漢族人如潮水般不可阻擋地向這些交界地帶移民。結果是各族犬牙交錯，與其他任何前帝國的民族交界地的情形別無二致。歐洲帝國（以及后來的后社會主義國家）的崩潰過程已經證明，在這些地方給新的國家劃界最為困難。從國家中心的角度看，避免沖突（無論是國內沖突還是國際沖突）的最好方式是按照帝國的邊界來劃界。清朝的有利條件是，其邊界線已經通過條約確定，尤其是與俄國確定了北方的邊界線。因此，這些邊界線顯然比邊疆內部各族群間的交界線更為清晰。當清末的教育改革將地理引入課程中時，這些邊界線被編入教科書中予以公布。結果是，日趨興起的中國公民也許不知道“中國人”之所指（或是蒙古人和西藏人因何也是中國人），但確實知道蒙古和西藏是中國的領土。

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