到19世紀末，帝國主義的威脅成為了中心-邊疆關系中的最為復雜的因素。對清朝在東亞霸權的挑戰自然始于邊疆地區，這一過程與地中海地區的奧斯曼帝國所經歷的過程是相似的。在清朝世界秩序的外圍是清朝的朝貢國：這些視滿洲皇帝為天子的國家定期朝貢，以換取皇帝對其統治者權力的認可。而這些國家最先脫離或是落入其他大國的控制，例如越南被納入法屬印度支那，琉球群島和朝鮮為日本帝國控制，最終并入日本。隨后，內緣又受到威脅。1895年，近海的臺灣島落入日本之手。在1904-1905年的日俄戰爭后，兩個大國簽署協議，承認俄國在蒙古和東北的北部（中東鐵路在那里與跨西伯利亞鐵路相連通往符拉迪沃斯托克）的主要利益，而日本則宣稱東北的南部和相鄰的內蒙古部分是其勢力范圍。由于擔心俄國在北面控制中亞，英國因而尋求在西藏獲得更大影響以保護英國在印度的地位。1903-1904年，榮赫鵬的遠征軍被派往拉薩，對清朝在那里的主權形成了嚴重的軍事挑戰。

清朝的反應可想而知：它試圖加強中央政府對外圍的控制權。但這種行為從根本上對內地通過省、縣行政機構進行直接統治和邊疆通過民族精英實行間接統治二者之間已經確定起來的差異形成了挑戰。如上所述，新疆在1884年建省。為了遏制俄國和日本在東北的陰謀，1907年，清朝又設立了新的東三省總督府，并任命了東三省巡撫；漢族官員在這里竭力推行了積極的經濟、政治和軍事現代化計劃。 因此，清朝的故土不再是一個特殊地域，而是被整合進了內地的行政體制中。也有人建議清朝在蒙古和西藏建省，但是清朝并不準備在這些地方過快地做出類似變動。不過，清廷確實在漢族農民人口眾多的內蒙古一些地方建立起了一些新的縣。此時，清朝禁止漢人向這些邊疆地區進行移民的命令已經完全失敗。和以前試圖阻止漢人移民邊疆完全相反，此時的清廷則積極鼓勵漢人移民。清廷對蒙古的土地和資源進行了調查，并建立政府機構來促進移民。同時，清廷還廢除了禁止漢人和蒙古人通婚的法律。雖然多數漢族移民去了東北和內蒙古，但是，在清末的外蒙古也有大量的漢族農業移民。這些新來者并不怎么尊重當地的居民。用一位到外蒙古的英國游客的話來說：“漢人的優越感是非常明顯的，好像他們希望讓所有的人都知道，他們才是主導民族。俄國人和蒙古人幾乎親如兄弟，但是中國游人對待俄國人幾乎和對待可憐的蒙古人一樣缺乏善意。”

在清朝統治的最后幾年，清朝政府將其新政改革也推向了邊疆地區。最引人關注的努力發生在外蒙古的烏蘭巴托。滿洲官員在那里建立了一個新兵訓練機構，作為邊疆地區蒙古軍隊的基礎。清朝還在這里建立起了警察培訓、公共衛生、商貿、農業、經濟發展和對外關系的機構。另外，和清朝改良的現代化進程相同，還建立起了一所教育新的蒙古族精英的學校。但是，由于費用高昂，遭致了當地人的不滿。此外，烏蘭巴托保守的宗教機構也并不完全歡迎這些外來的干擾。藏傳佛教僧人和漢族商人及政府機構之間的沖突成為緊張局勢的重要源頭。

在蒙古也出現了類似的情況，因為新政改革的侵擾，致使蒙古人甚至在辛亥革命之前就想獨立。如同西藏，這一次宗教領袖起了重要的作用，同時也尋求外部力量來幫助蒙古實現自治的愿望。當時，內外蒙古不同群體的領袖聚集在蒙古人的宗教領袖“活佛”哲布尊丹巴呼圖克圖那里，并于1911年7月派代表團到圣彼得堡尋求俄國的支持。他們在向沙皇提出的請愿書中強調了藏傳佛教對蒙古人的重要性，提出他們“以前遵從于滿洲大汗，因為他們（滿洲人）敬仰佛教并傳播佛的庇佑”。“但近年來，中國（原文如此）的高層官員已經非常強大，并開始干涉我們的事務。最糟糕的是他們打著‘新政’的旗號，占領土地用以開墾，破壞了我們的舊俗。”蒙古人的抱怨主要是針對“新政”改革和不斷增加的漢族移民，而感覺到其宗教遭到威脅則是一個重要的推動因素。因此，他們呼吁俄國人給予支持：“正如我們所知，在國際先例中，任何弱小國家都可以依賴強大的國家實現獨立。”

如前所述，辛亥革命爆發之前，西藏和蒙古都已經準備宣稱獨立。其他邊疆地區的情況則有所不同。東北三省那時大多由漢人占據。在新疆，由于18世紀以來清帝一直鼓勵貿易和漢人移民以發展邊疆經濟，所以“漢化”的過程一直都未中斷。也許更重要的是，這些地區也是完全融入中國行省和地方行政機構的地區。但在西藏和蒙古，世襲貴族和經濟實力豐厚并擁有廣泛支持的寺院，以及其中具有強大勢力的黃教機構為那些想要建立新國家的人們提供了相對的有利條件。

在西藏，辛亥革命起初引發了部分清軍反抗清朝駐藏大臣的兵變，隨后，西藏人成功地將中國軍隊驅逐出去，而這些中國軍隊也并不情愿待在這個遙遠且環境惡劣的邊防哨所。流亡歸來的達賴喇嘛宣布以前那種維系和滿洲皇帝的供施關系終結，西藏從此將獨立。盡管在整個民國期間，西康地區的漢人和藏人不斷發生小規模的沖突，但是中部藏區事實上建立了獨立的政體，并一直持續到1950年。在蒙古，當武昌起義的消息傳到烏蘭巴托之后，獨立運動領袖宣布博格達·哲布尊丹巴呼圖克圖為蒙古國大汗。他們的立場非常明確：蒙古從屬于清朝，如今是中國人起來反抗清朝，蒙古應恢復其獨立地位。正如一群貴族所言：“最初蒙古并非中國一部分，但是因為一開始追隨了清王室，故極感王室之恩。而蒙古與中國之間完全沒有聯系。如今清廷遭到摧毀，蒙古與中國并沒有天然的聯系，所以蒙古應該獨立。”另一部分人的說法更接近現代國家的自決：“我們蒙古人擁有同中國人不同的習俗、語言和文學作品。我們蒙古和中國的文化差距就像天、地的距離那樣大。” 當中國革命軍反滿暴力行動的消息傳到蒙古時，蒙古領袖更加確定在漢人控制的中華民國中并沒有蒙古的位置。此時蒙古的新議會發誓要“保護我們的種族，保護我們的宗教，還要保護我們的領土完整”。

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