彭德懷當然另有一番考慮。首先，斯大林在10月1日建議中國出兵的電報中明確表示，志愿軍“當然由中國的指揮員統率”。其次，在朝鮮的所見所聞，實在令人對朝鮮人的軍事指揮能力擔憂。彭德懷在給中央軍委的電報中反映，“朝鮮黨征兵問題異常嚴重，16-45歲男子全部征調入伍。入伍工人家屬無人過問，一般群眾沒飯吃。一切無長期打算，孤注一擲的冒險主義從任何方面都可以看到”：“軍事指揮異常幼稚，19日下令死守平壤，結果3萬人未退出多少”；朝方“雖同意在人民軍中開展黨的工作和政治工作，但不同意建立政治委員制度”等等。后來彭曾對柴成文講：“我要對中朝人民，對幾十萬士兵負責啊！”因此，在彭德懷看來，根本不存在將中國軍隊交給朝鮮指揮的問題。至于對朝鮮軍隊的指揮，一則不了解朝鮮方面的主張，二則人民軍主力部隊已經潰散，新兵正在中國境內整訓，尚無法直接參與軍事行動，此時還不宜提出。于是，當10月21日彭、金在大榆洞第一次會面時，雙方均未提出統一指揮問題，只是在談到兩軍如何配合時，金日成同意派樸一禹駐彭處保持聯絡。
10月25日中共中央正式任命樸一禹為志愿軍副司令員兼副政委，黨委副書記。
隨著戰事發展，兩軍統一指揮的問題漸漸提到議事日程上。在第一次戰役期間，彭德懷屢次報告，因中朝之間缺乏協調——語言不通、地形不熟、朝鮮黨政軍民撤退堵塞道路等等，“志愿軍行軍作戰受阻”。特別是還多次發生人民軍誤擊志愿軍的事件。如11月4日志愿軍第39軍在博川東南圍攻美第24師時，遭到奉命向順川挺進的人民軍坦克師的誤擊，致使被圍之敵逃脫。在物資供給、交通運輸等方面，由于沒有統一的協調指揮，也出現了混亂的局面。
為此，彭德懷通過北京委托中國使館人員向金日成提出作戰中的協調統一問題，希望人民軍總部能夠靠近志愿軍總部。11月7日彭又請樸一禹面見金日成，反映幾個問題。但商談3天的結果令人失望：1、開辟敵后戰場問題，由于什特科夫堅決支持中國方面的主張，決定派方虎山和崔仁兩個軍團深入敵后，金日成對此勉強同意。2、兩軍配合問題，金日成堅持只派參謀擔任通信聯絡，交換情報，既不同意兩軍總部靠近，更不同意采取聯合的形式。3、朝鮮嚴重虐待俘虜，甚至殃及英、美使館人員的問題，彭德壞對此婉轉地提出了意見，金日成收下彭介紹中國戰俘政策的親筆信后，未置可否。4、對待逃避兵役的朝鮮平民問題，金日成同意志愿軍幫助召回逃跑者，但實際上準備以反叛罪名對這些人進行武裝圍剿。在此期間，彭請求中央軍委轉告金日成，人民軍第6師尚有6200多人，且已同志愿軍125師會合，希望讓該師留在當地協同志愿軍作戰。但金堅持將該師調走了。后第7師5000余人又與125師會合，彭再次提出留下該師，金日成則不予答復。此外，朝方和駐朝蘇聯軍事顧問還反對彭德懷提出的后撤幾十公里設伏的第二次戰役作戰方針，主張志愿軍應繼續向清川江以南追擊敵人。
所有這些問題的核心是軍隊指揮權的歸屬。為了解決問題，毛澤東決定一方面請中朝兩軍最高指揮官直接面談，協調雙方立場，一方面向莫斯科反映意見，以求得到支持。
11月15日，金日成和什特科夫應邀來到志愿軍總部，高崗也專程從沈陽趕到。會談一開始，性情直率的彭德懷便提出了兩軍必須統一指揮的問題。高崗也解釋說，朝鮮半島地域狹窄，戰役上沒有統一指揮不行。什特科夫明確表示應該由中方統一指揮，并批評人民軍以最好的蘇聯裝備打了敗仗，而贊揚志愿軍以劣勢裝備消滅了大量敵軍，認為對中方指揮的正確性不應存在任何懷疑。但金日成在發言中只介紹了人民軍的情況，而對指揮權和有關政策問題卻閉口不談。情急之下，彭直接提出了自己設想的方案，即由金、什特科夫和他本人組成一個三人小組，負責對軍事問題進行協商和統一指揮。對此建議，金日成未置可否，什特科夫因未請示莫斯科，也不便表態。最后決定，待第二次戰役結束后召開會議再行討論。
毛澤東在11月13日給斯大林的電報中轉述了彭的建議：“希望金日成同志和什特科夫同志能常駐前方，并由金日成、什特科夫、彭德懷組織三人小組，負責決定軍事政策，包括建軍、作戰、正面戰場和敵后戰場以及與作戰有關的許多現行政策，求得彼此意見一致，以利戰爭進行。我們同意這個提議，現特電告，請求您的指示。如您認為可行，即請由您處向什特科夫同志和金日成同志提出為妥”。毛澤東特別指出：“現在的重要問題是朝、蘇、中三國在那里的領導同志們能很好的團結，對各項軍事政治政策能取得一致的意見，朝鮮人民軍和中國人民志愿軍在作戰上能有較好地配合，并能依照您的提議有相當數量的朝鮮軍隊和中國志愿軍混合編制在一起（保存朝鮮軍隊的建制單位），倘能如此，勝利是有把握的。”17日，毛澤東致電彭、高說，斯大林已回電，完全贊成由中國同志來統一指揮，并將電告金日成和什特科夫。另外，蘇聯駐中國軍事總顧問扎哈羅夫也贊成統一指揮。毛澤東要彭觀察金日成的反應。
鑒于莫斯科已表明態度，金日成便提出要去北京與毛澤東商談。在12月3日的會談中金說，斯大林有電報指示中朝軍隊應統一指揮，因中國志愿軍有經驗，應由中國同志為正職，朝鮮同志為副職，朝鮮勞動黨政治局會議對此已同意。隨即，毛澤東告以中國方面推彭德懷為司令員兼政委，金日成提出金雄為副司令員，樸一禹為副政委，并確定以后聯合命令即由彭、金、樸三人署名，對志愿軍的單獨命令仍照以前署名不變。聯合司令部成立以后，凡屬作戰問題及前線一切活動均歸其指揮，后方動員、訓練、軍政、警備等事則由朝鮮政府直接管轄，但聯司得向后方提出要求和建議。聯司下仍分為兩個機構：志愿軍司令部和人民軍參謀部，合駐一處辦公。聯司的建立對外不公開，僅對內行文用之。鐵道運輸、修理亦劃歸聯司指揮。會談后周恩來起草了《中朝兩方關于成立中朝聯合指揮部的協議》。金日成返回朝鮮后，7日同彭德懷再行商議具體事宜，所談甚為融洽。雙方商定數日內組成聯合司令部，金保證今后不再直接干預軍事指揮，而且接受了中方的建議，取消此前對人民軍第3軍團的部署，令其就近聽從志愿軍9兵團宋時輪指揮。彭德懷對此表示滿意，并反復指出，“人民軍勇敢、頑強的精神和一套嚴格的蘇軍軍事管理制度，是值得學習的”；指令9兵團干部，應以學習的態度去了解第3軍團的情況，可以“根據實際情況相機介紹中國建軍中的各項政治工作和地方工作經驗”，但如與對方的原有制度有矛盾，“切不可生硬搬運”。
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