蔣介石的設想，甚至受到伊寧政權中務實派的激賞，并基本上體現在由張治中與阿合買提江等人簽訂的《中央政府代表與新疆暴動區域人民代表之間以和平方式解決武裝沖突之條款》（簡稱《和平條款》）之上。依《和平條款》暨“附文”（一）之規定，新疆成立聯合省政府。省府主席由張治中兼任，兩名副主席包爾汗和阿合買提江都是突厥語穆斯林；在由國民黨與伊寧政權共組的新疆聯合省政府的正式組成結構中，各廳局長和省府高階職位，都指派了新疆不同族群、不同政治背景的人士擔任；在省府、地方各級行政機構中，半數左右的職位都延用各非漢人士。在南疆聘用公務人員時，張治中甚至實行漢人與非漢人分別占30%和70%的比例；中央行政、立法機構中也為新疆非漢民族人士保留了相當比例的職缺。忠實貫徹蔣介石意旨的張治中，明確體認到新疆族群議題的重要，他寫道：“漢人僅占新疆人口的5%，為什么不能把政治權力移交給占人口95%的維吾爾人和其它民族呢？”

《和平條款》的內容，顯示蔣介石對“中華民族宗族論”做了權宜的修正，將促進邊疆非漢人權益，當作處理迫在眉睫的族群沖突與國家分裂危機的新處方。而國民政府開始采用某些混合了西方和蘇聯因素的民族平等和民主政治手法，在一定程度上改變了中國傳統的治邊政策。國民政府有意擴大土著民族的政治參與和政治權利，形成具實踐意義的“三民主義治邊政策”的新形態。

《和平條款》規定，“政府給予新疆人民選舉彼等相信之當地人士為行政官吏之選舉權”；保障宗教信仰自由；國家行政與司法機關文書，漢文與維吾爾文并用，人民呈送政府機關文書，可單獨使用其本族文字；中小學得使用本族語文施教；政府保障民族文化和藝術的自由發展；人民享有出版、集會、結社與言論自由。《和平條款》之“附文”（二）甚至規定，準許新疆土著民族組織民族軍隊；而民族軍隊員額之補充，亦悉數來自本地民族。

國民政府在《和平條款》暨兩件附文中作出重大政治讓步，所要換取的只是伊寧當局承認自己是“中國人”的口頭宣示。

面對與伊寧政權的政治競爭，國民政府相當忠實地履行了《和平條款》所約定的內容。在民主施政上，由張治中與新疆省府秘書長劉孟純、民政廳長王曾善、迪化市長屈武、外交特派員劉澤榮共同擬定的《新疆省政府施政綱領》，成為與伊寧政權進行政治競爭的武器。1946年7月18日，新疆聯合省政府第二次委員會議通過“施政綱領”共85條，其主旨是在國家統一、民主政治、民族團結的基礎上，建設三民主義的新新疆。親蘇的伊寧政權迅即體認到蔣介石、張治中政策中包含的西方政治的影子，轉而公開批判張氏的“施政綱領”。

在“施政綱領”之下，新疆第一次體驗了帶有西方色彩的地方自治。1946年9月間，省聯合政府完成全省范圍內的選舉委員會組織章程，成立由省方、伊方與公正人士組成的赴各專員公署的監選小組，為表示公正，各專署專員與副專員均不入選本專署監選小組。伊寧方面所控制的伊寧、塔城、阿山（今阿爾泰）三區，則拒絕奉行選舉辦法，也拒絕監選小組監選。10月間，省聯合政府派往阿山的第6監選小組途經額敏時，時任迪化專署副專員的哈薩克族人士涂禹則（Turkstan Nur Bai）與克斌全（Kamal Beg）等人，被親伊方的民眾毆斃。同期，其他專署在選舉問題上也發生了由伊方策動、規模不等的暴力事件。同年10月至12月間，全省各縣縣長及省參議員選舉工作完成，當選結果出爐，親伊方人士在伊犁、塔城、阿山、喀什等地區取得多數縣長與省參議員席位；在莎車、和闐、阿克蘇等區，則以親國民政府當選比例居多；若僅以縣長計，則除漢人人口比例較高的綏來、阜康、鎮西和哈密、阿克蘇、焉耆、和闐等共7個縣外，其余各縣均由伊寧方面支持的人選當選。

伊寧方面透過“施政綱領”之下，省政府的人事任命和縣長、省參議員全面選舉，將勢力范圍擴展到南疆，但選舉結果揭曉后，伊方對于未能全面掌控阿克蘇、和闐、莎車的結局并不滿意。

1946年11月，新疆省派出包括伊寧方面的阿合買提江和阿巴索夫等7人在內的18名國大代表，赴南京出席國民大會。大會舉行期間，阿合買提江等人提出《請在中華民國內將新疆改為“東突厥斯坦共和國”并給予高度自治案》。張治中擔憂，若此案在討論時徑遭否決，必然引發伊寧方面的激烈反彈，因而特別致電南京，闡述蔣介石對新疆問題的認知和處理新疆民族問題的原則，建議他們對伊寧的代表盡量疏導勸解。

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