《愛國者法》共分10個部分，覆蓋與國土安全和打擊國內恐怖主義活動相關的領域，包括執法部門之間的情報分享、提高刑法效率、監控潛在恐怖主義分子、防止國際洗錢活動、加強國界的保護、加強對外國人出入境的管理、為9·11襲擊的受害者提供幫助等。核心條款是為聯邦執法部門在打擊和調查恐怖主義活動時提供法律上的正當性，放松或解除先前的限制，賦予執法部門——如司法部、聯邦調查局等——足夠的執法權力和空間，使它們能夠及時、廣泛、盡可能不受限制地搜集和分享相關信息，并對嫌疑人展開必要的、迅速的拘捕。該法案還增加了對恐怖主義分子和各種形式的恐怖主義活動——包括使用核武器、生化武器、炸毀政府財產、劫持航空器、放火、殺害聯邦官員、襲擊通訊設施等——的懲罰力度，并嚴禁任何人隱藏、輔助和資助恐怖主義分子。
從字面上看，《愛國者法》的目的是加強安全控制，提高司法效率，增強情報部門的監控能力，但實際上該法對“國土安全”做了重新的定義：恐怖主義行為不再只是一種犯罪行為，而是一種威脅美國安全的戰爭行為；政府的反恐活動在性質上也發生了變化，從制止犯罪活動提高到進行戰爭。在新的邏輯下，恐怖主義者不再被視為普通的罪犯，而變成了威脅美國國家安全的敵人，性質也發生了變化?！稅蹏叻ā穼野踩糜谧钪匾奈恢?，與國家的存亡聯系起來，在這種情況下，政府對公民自由和公民權利的保護就變成是有條件的了。聯邦法律從注重對公民權利的保護轉移到對國家生存的考慮。“自由”和“權利”不再是理所當然的公民權，而變成了一種由政府來決定誰可以享有和何時可以享有的“特權”。
《愛國者法》也將美國的反恐策略從回應危機的反應式策略，轉換為先發制人式的預防式策略，即政府應將重心放在阻止和防止恐怖主義事件的發生，而不再是在恐怖主義襲擊發生之后對犯罪分子進行偵辦和起訴。因此，收集犯罪嫌疑人的證據升級為對敵對分子情報的搜集，原先處于隔絕狀態的聯邦調查局與中央情報局需要分享情報，兩者的關系將從競爭變為合作，國內安全與國際安全需融為一體，通盤考慮。這種認知是全球化時代美國政府對國土安全問題思考的一個重要轉向。
《愛國者法》的實施
《愛國者法》極大地擴大了執法部門在幾個方面的權力。在監測方面，《愛國者法》賦予聯邦調查局和司法部所有可以使用的監測權，擴大了聯邦調查局的活動空間，減少了對該局行動的法律限制?！稅蹏叻ā返?05條規定，聯邦調查局可無需經過聯邦法院的許可，直接從互聯網經營商處獲取用戶的私人信息，包括信用卡號碼、銀行賬號、交易記錄、對互聯網的使用情況（包括用戶訪問的網址和訪問時段等）。獲取這些信息的理由被籠統地包括在“國家安全需要”的名義之下。也就是說，只要聯邦調查局認為被調查對象與對國際恐怖主義活動或秘密情報的監控有關，就可以對其進行監控和獲取相關情報，無需經司法機構的審查和批準。這項看似平淡無奇的規定實際上牽涉到范圍廣泛的機構和行業，包括了所有提供電子郵件和互聯網服務的運營商，也包括所有提供互聯網設施和服務終端的圖書館、學校、公司、企業等。在《愛國者法》的庇護下，聯邦調查局的執法人員可以任意搜查和獲取電腦使用者的信息，可以向任何圖書館索取使用者的圖書查詢記錄或網頁瀏覽記錄，可以向任何旅館等場所發出提供客人信息的要求。以這些方式獲取的涉及個人權利和隱私的信息如何得到監控和管理，則完全處于公眾和司法機關的監控之外。聯邦政府執法人員可以十分便捷地獲得法院命令，搜集任何值得或受到懷疑的人（包括公民和非公民在內）的私人信息。法案也給予執法人員以無需法院搜查命令而進入私人住宅進行搜查的權力。
在《愛國者法》的允許下，國防部下屬的“北部指揮系統”（Northern Command）新建了兩個國內情報收集中心，國防部也批準了反情報體系的建立，負責搜集和分析從司法部門、軍方和情報系統獲取的情報。國防情報系統等機構開始對互聯網的行動進行掃描。全國地理空間情報局（National Geospatial-Intelligence Agency）開始在133個城市搜集情報，并具備了獲知每一戶居民的詳細信息——包括居住者的家庭人數、關系及背景，他們的政治傾向以及原始國籍（如果是新移民的話）——等情報的能力。除國防部外，其他的聯邦機構，如司法部、國土安全部、財政部、交通部也都創造了情報監測和搜集系統?！稅蹏叻ā愤€對1978年《外國情報監測法》（Foreign Intelligence Surveillance Act， FISA）做出了重要的修改?！锻鈬閳蟊O測法》原先準允聯邦執法部門使用秘密監測的手段對外國勢力進行監視，但其實施受到立法和司法部門的嚴格限制，執法部門需要出具足夠的理由，并征得法院的同意后才能實施；《愛國者法》則將這項法律的適用范圍開放到對國內情報的監測，允許執法部門只需說明外國情報構成其調查過程中的“一個重要目的”之后，就可以對懷疑對象實施搜查和監測，包括獲取電腦存儲的信息。按照聯邦司法部長阿什克拉夫特的說法，只要政府監測的目的與普通的犯罪相關，該法都可以實施。這等于打通了聯邦調查局的刑事檢控與情報搜集兩個領域之間的障礙。在《愛國者法》的規定下，聯邦司法部門可以根據需要，任意界定對個人或組織進行搜查的理由，只要與反恐有關，個人電腦中的信息可以隨時被搜查與監控，無需通過審查程序、申報和司法批準。這意味著，那些與外國政府毫無關系、不擔任外國政府代理人的公民或在美國居住的人，只要被執法部門懷疑與恐怖主義活動有聯系，其個人電腦的訊息可以處于政府的監控之下。這些規定大大擴展了《外國情報監測法》的實施范圍，而在這之前，該法只是秘密地在有限的范圍內實施。
除此之外，司法部還建立了自己的監控系統。2002年1月，司法部建立了恐怖主義信息與預防體制（Terrorism Information and Prevention System, TIPS）項目，即“一種對犯罪嫌疑活動的全國性報告體系”（a national system for concerned workers to report suspicious activity），目標是招募數百萬美國卡車司機、郵遞員、火車檢票員、輪船船長、公用設施管理者等作為司法部的線人（informant），隨時向政府報告任何不同尋常和值得懷疑的行動。這項計劃被媒體曝光后，引起了國會的極大憤怒，國會要求司法部立即關閉類似的項目。一家澳大利亞的報紙稱，如果這個項目得以實施的話，“美國將擁有比前東德更高的線人公民的比例”。
在住宅搜查方面，《愛國者法》也放寬了原有的限制性規定。根據原有的法律程序，對公民住宅實施搜查，需要從法院獲得搜查許可令（search warrant），而獲得搜查許可令本身需經過嚴格的申報和批準程序；在搜查時，必須采用“敲門與通報”（knock and announce）的程序。但在《愛國者法》的規定下，只要執法人員事先向法院通告，執法人員就可以在不通知嫌疑人的情況下，對嫌疑人住宅進行所謂“隱秘式搜查”（sneak and peek）。雖然這種被稱為“延遲通報”（delayed notice）的住宅搜查以前也曾為法院所允許，但《愛國者法》允許執法部門無期限地這樣做，并將這種針對個人住宅的無通報式的搜查變成了一種政府的合法行動。令人感到尤其不安的是，這種做法可以被用于幾乎任何形式的犯罪調查過程。連聯邦司法部都承認，在153樁類似的搜查事件中，只有12%的搜查與反恐有關。2006年《愛國者法》獲得延期之后，國會開始要求司法部門須在“延遲通報”式搜查發生后的30天內向聯邦法院行政辦公室（Administrative Office of the Courts）通報與搜查申報程序和搜查本身相關的情況。
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