伴隨著文明的破壞與重建，伊斯蘭教在中亞諸汗國時期(16世紀～19世紀中葉)完成了本土化過程，并最終得以在中亞獨立發展，成為中亞地區占絕對優勢的宗教。

沙俄統治時期——伊斯蘭教的“俄羅斯化”

中亞19世紀中期至1917年中亞處于沙俄統治時期。沙俄對中亞伊斯蘭教實行利用與控制兩手政策。利用政策方面，包括在立法上對伊斯蘭教予以承認，以最大限度獲取廣大穆斯林的支持;提高伊斯蘭教神職人員的地位和待遇，收買人心，這一時期中亞地區的教職人員地位顯赫，待遇豐厚;修建宗教設施、支持朝覲活動。沙俄政府的利用政策主要目的還是為了加強對中亞地區的控制，因此不斷推動伊斯蘭教“俄羅斯化”，力圖削弱伊斯蘭教在中亞的影響，其控制政策主要體現在：不斷加強對伊斯蘭教的監管;逐漸限制伊斯蘭教會的權力，降低其在居民中的權威性，弱化穆斯林宗教意識;在中亞推廣東正教。

盡管沙俄對中亞伊斯蘭教采取諸多控制措施，但總體上講沙俄的宗教政策還是比較寬松的，因此這一時期中亞的伊斯蘭教得到不斷發展，宗教學校成為穆斯林接受教育的主要途徑，還出現了一些旨在尋求新出路、改變伊斯蘭教危機狀況的思潮、運動和新的教派，如瓦伊索夫派、新穆里德主義、札吉德運動、穆里德兄弟會、泛伊斯蘭主義和泛突厥主義等。

蘇維埃初期——中亞宗教極端勢力初現

十月革命后，蘇聯的外部環境十分嚴峻，西方國家把蘇聯視為敵人，伺機策劃破壞蘇維埃政權的活動。同時內部問題也更加嚴重：自1918年開始爆發國內戰爭，安全形勢緊張，內戰牽制住蘇維埃政權的大量精力;中亞蘇維埃政權的力量還比較薄弱，中亞地區被剝奪特權的封建巴依(即地主)和伊斯蘭宗教界對蘇維埃政權十分不滿。在這樣的背景下，自1917年底至1926年和1933年，中亞發生了具有宗教極端主義性質的巴斯馬奇反革命武裝叛亂。

“巴斯馬奇”(Басмачество)意思是“土匪”、“強盜”，源自突厥語“巴斯馬克”，即“進攻”、“突襲”之意。1918年2月，浩罕的穆斯林政府被蘇維埃政權推翻后，它的一些成員投奔了巴斯馬奇，巴斯馬奇還得到包括部分宗教人士在內的反革命勢力支持，使巴斯馬奇由一個以搶劫為生的犯罪集團轉變為反對中亞蘇維埃政權的宗教極端武裝組織。

巴斯馬奇的目標就是要推翻蘇維埃政權，建立中亞伊斯蘭共和國。這個有明顯泛伊斯蘭主義和泛突厥主義色彩的宗教極端組織鼓吹宗教狂熱，煽動群眾，向蘇維埃政權發動武裝進攻，經常在城市、村鎮和居民點進行突襲。1917年底至1918年初，巴斯馬奇發動叛亂，建立“浩罕自由政權”，組建“突厥斯坦穆斯林自衛軍”，并在費爾干納地區成立了“臨時政府”，并得到英、美等西方國家的援助。美國出臺了“未來中亞十四條”，強調在必要的情況下，可以對突厥斯坦實行“委托統治”。英國也宣稱，可以建立一個大英帝國庇護下的中亞哈里發突厥斯坦國家。

蘇維埃政權打擊巴斯馬奇反革命運動的主要應對策略首先是把打擊對象分為兩個層次，聯合中亞人民一道對頑固的武裝分子進行堅決打擊，對受到蠱惑的普通民眾則采取多做工作、逐漸感召的政策。1920年5月，突厥斯坦前線指揮官伏龍芝率蘇聯紅軍進入費爾干納，號召突厥斯坦當地居民應征入伍，組成了2500人的騎兵剿匪部隊，將巴斯馬奇匪幫趕進阿爾泰山。之后巴斯馬奇在那里建立了“帕米爾-阿萊”基地。其次，提高中亞人民的生活水平，改善宗教人士的待遇，宗教界精神權威在一定程度上得到恢復，被充公的土地部分歸還給清真寺，以爭取民心。再次，大赦普通的巴斯馬奇武裝分子，許多巴斯馬奇武裝分子得以返回家園。最后，引導和教育中亞各族人民對宗教、科學以及蘇維埃政權的正確認識。

1922年、1924年和1926年，蘇聯紅軍在中亞各族人民的支持下，擊潰了巴斯馬奇的多次反撲，最終被蘇聯軍隊殲滅了大部分匪徒，其殘余勢力逃往阿富汗、伊朗及中國的新疆。在同巴斯馬奇長達十年的斗爭中，中亞蘇維埃政權經受住了考驗，對中亞的宗教民族主義勢力給予了沉重打擊，從客觀上為改變中亞歷史上形成的各民族混居與分割并存的局面創造了條件。

蘇聯時期——作為社會主義對立面的伊斯蘭教

從1917年十月革命勝利到1991年蘇聯解體的70多年間，蘇聯的伊斯蘭教政策變化可以分為三個階段：20世紀20年代蘇維埃政權建立初期的寬容政策;20世紀20年代末至60年代漫長的壓制、控制和管理政策;20世紀60年代中期至80年代中期的松動政策。

20世紀20年代蘇維埃政權建立初期對中亞伊斯蘭教采取寬容政策：對伊斯蘭教人士給予充分尊重，未剝奪宗教組織的財產，尊重伊斯蘭教法，允許宗教學校存在，不在中亞地區開展反宗教宣傳，尊重信教群眾的宗教感情。在蘇維埃政權建立后的頭十年，中亞地區的宗教工作頗有成效，中亞廣大穆斯林居民充分享有宗教自由，同時也學習接受無神論等新知識。除實行正確的宗教政策外，蘇維埃政府還通過民族劃分、組建民族共和國以及加入蘇聯等方式減少伊斯蘭教對中亞社會的影響，使中亞各民族國家與蘇聯的社會現實相適應，經過發展民族文化、加強科學教育，淡化伊斯蘭教在社會生活中的作用。

20世紀20年代末至60年代采取壓制、控制和管理政策。列寧逝世后，蘇聯政府對伊斯蘭宗教政策做出重大調整，開展“宗教世俗化”運動，逐漸在對待中亞伊斯蘭教問題上開始變得粗暴，采取了許多壓制手段，包括大規模關閉宗教設施，迫害伊斯蘭宗教人士，發動全民反對伊斯蘭教，大力推動無神論教育和宣傳等方式，把伊斯蘭教置于“社會主義的對立面”。

20世紀60年代中期至80年代中期政策有所松動，實行政治上加強控制、放寬對宗教團體和宗教活動限制的松動政策。開放了一些清真寺，允許伊斯蘭上層人士參加或舉辦世界性的宗教活動，這一時期中亞的穆斯林數量有所增加，青少年信教人數增多，一些共青團員和共產黨員中也出現了信教者。這主要是由于當時人們的精神生活比較貧乏，青年群體不關心政治的現象十分普遍，長期的官僚體制衍生出來的社會懶散風氣讓人們對集體事業、對社會活動更加消極。

不過，蘇聯政府對所謂伊斯蘭教“殘余”的打壓仍在繼續進行。蘇聯政府通過行政命令和思想灌輸的方式強行推廣無神論教育、淡化中亞居民的伊斯蘭教意識，這種作法帶來了嚴重后果：強行改變信仰極大傷害了穆斯林的感情，給廣大中亞穆斯林帶來了巨大的摧殘，在20世紀30年代的“大清洗”運動中，烏茲別克大部分神職人員被關進勞動營;對伊斯蘭文化造成浩劫，很多清真寺被關閉，大量宗教文獻被毀;為日后宗教極端思想的泛濫埋下隱患——部分穆斯林產生了“建立政教合一政權，與世俗政權對立”的思想，向往中亞民族獨立國家時期的政教合一體制下的信仰自由生活，對世俗政權產生了強烈的憎恨。

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