真正摧毀天主教這一套系統的，既不是宗教改革者們（當然，他們是開端），也并非是啟蒙哲人們（他們其實是站在信仰被毀的廢墟上和生活哲學的短暫真空狀態中的），而是從15世紀50年代開始，持續了一個多世紀的宗教戰爭。很遺憾蓋伊在書中似乎并沒有強調這一點，他有點太執著于大思想史，忽略了一些顯而易見的事實。從羅馬帝國以來，這是歐洲的人們第一次因為信仰而互相殘殺。在那一個多世紀的時間中，整個歐洲都是戰場——開始是1562年到1598年法國的內戰，然后是1642-51年的英國內戰，同時發生的是西班牙和它曾經的屬地尼德蘭的八十年戰爭（1568-1648）——戰爭一度打到了我國的南海，西班牙與荷蘭的殖民者在這里也開始廝殺。當然，最慘烈的是神圣羅馬帝國的三十年戰爭，這場開始與1618年的大戰席卷了整個歐洲，連北歐的瑞典都卷入其中，據估計接近6千萬人因三十年戰爭喪生，這個數字從比例來看遠遠超過第一次世界大戰。
史蒂文·朗西曼在他關于十字軍的經典著作中生動的闡釋過戰爭對于一個基督教徒的“異化”作用。他說：“任何一個基督徒不得不面對的基本問題是：他是否有權利去戰斗？”在傳統的道德觀念中，殺人是可恥的，而戰爭則是一種最為卑鄙的集體謀殺行為。“和一個異教徒戰斗是讓人蒙羞的，盡管有時候這種情況不可避免；和有共同信仰的基督徒戰斗則是雙重罪惡。”威斯特伐利亞終止了戰斗，可是戰爭帶來的宗教組織的破壞，思想意識的空虛，還有空氣里那種期待新生的渴望，卻不是一紙和平協定所能夠輕易屏蔽的。教皇用盡了一切字眼來譴責這個和平協定，可是除了身旁的幾位神職人員之外，沒有人聽到他聲嘶力竭的吶喊。在這場大戰臨近尾聲的時候，歐洲君主的共識是：cuius regio eius religio (吾皇立吾宗）。當基督教在戰場上被擊敗的時候，其信仰在思想市場上也就迅速貶值了。
不過，啟蒙思想在歐洲文明上的核心地位，不僅僅是建立在對于基督教的批判之上的，還有科學精神的出現和傳播。在蓋伊的這套兩卷本的書中，下冊更偏重于科學在啟蒙時代的傳播，這當然是啟蒙運動無可爭議的關鍵遺產之一。伽利略、牛頓、萊布尼茨這樣的人物應當進入萬神殿，但是狄德羅、伏爾泰、康德同樣是人類思想星空中最閃耀的星，他們立論的依據和目標之一：所有的人類不僅僅是一個“種族”，而且分享共同的價值判斷的基礎，追求同樣一種幸福，因此是同一個人類的大社群，這現在仍是我們的某一種理想。不過，啟蒙哲人究竟做出了那些貢獻，以至于謝林曾經承認，“整個現代的歐洲哲學，就是啟蒙運動到如今的哲學”呢？
這是不容易回答的問題，在本書作者蓋伊看來，啟蒙哲人最重要的貢獻是他們開啟了一種現代的“批判精神”。這不是特別新鮮的議論，如作者在書末承認的，這樣的觀點來自于啟蒙運動更早期的研究者卡西勒。通過啟蒙運動，批判精神確實滲入了歐洲的精神血脈之中，從此，歐洲走向了一個開放的，持續進步的，不斷重審和內省的歷史進程中去，這個過程的一個節點（不是終點）是20世紀以來的現代性。啟蒙哲人雖然對于理想的未來發出了截然不同的聲音，但是整個歐洲卻開始徹底思考人類將向何處去，為什么這樣的終極問題，最終的答案是籠統又清晰的，那就是人類應該走向更加文明的狀態（the state of civilization），在這條自我批判和自我提升路上，沒有終點又沒有盡頭。這條路上并不是沒有歧路的，比如卡爾·貝克爾所稱的“理性烏托邦”之路，但是，總體來看，傳統——一個建構在對于一套思想綱領的反復詮釋的安全和穩定的牢籠——被打破了，前面是全新的領域。
需要澄清的是啟蒙哲人們并不只是懷疑論者。在開始思考哲學問題的時候，每個人也許都會問自己：“我如何才能真正了解一件事呢？”古希臘的懷疑論者就是這么開始思考的。對這個問題最極端的回答——我們無法真正了解任何一件事情，所有的正義和真理都是相對的——導致詭辯的產生。時至今日，還有人喜歡把這種看上去有點聰明的說法掛在嘴邊，作為自我放棄的藉口，或是罪惡的辯護。即便不走到詭辯的極端，古代的許多智者仍然屬于懷疑論者，其中最知名的一位叫卡爾內阿德斯，他作為外交使團的成員曾經去過羅馬，第一天他發表演講，聲稱宇宙中有固定的法則，而今天公民社會的運行，就是靠這些法則來維系的，發現這種法則，就能夠實現公平和正義。第二天，他發表了另外一個演講，聲稱宇宙只是一系列原子的混亂構成，社會是完全人的創造，法則也都是人來制定和維護的；因此，我們需要用人的理性討論，找到一套關于社會規則的方案，這樣才能實現正義。在這兩天中，他都受到了聽眾熱情的歡呼，而且這兩天的聽眾其實基本相同。很快，羅馬就把他驅逐出境了，生怕他污染了年輕人的心靈。
啟蒙哲人不是卡爾內阿德斯這樣的演說家，他們很少鼓動群眾——在18世紀的法國，群眾主要是農民，伏爾泰覺得他們是無可救藥的一群人。啟蒙哲人雖然懷疑，但是更希望通過懷疑找到對于懷疑論的解答——也許貝克萊主教是唯一的反例，他比古代的懷疑論者走的更遠。大多數的啟蒙哲人不想，也不曾成為真正具有原創思想的“哲學家”，他們中的大多數人是巴黎文人，生活在財富和門第的保護網之下。他們的批判是從對于日常生活中的種種怪現象的諷刺開始的，后來發展到諷刺某些身居高位的人，然后才發展到對于當下制度的不滿，對于改革和進步的追求，還有一種對于未來的更好的社會的愿景。他們從懷疑出發，認識到自身和當下的不足，但是最終還是希望這些問題能夠得到解決，缺點能夠被彌補。至于說啟蒙運動導致了后來的自由主義，資本主義，世界主義，還有無所不包的現代性，則是把啟蒙運動作為一種大歷史中的范式來看待，而不是小的歷史中的一場運動。
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