1924年5月，54歲的八世哲布尊丹巴突然圓寂，雖被稱為壽終正寢，但也有傳言，他是被新政府用毒殺的方式秘密處決的。在他遇害6個月后，外蒙古君主制被廢黜，“蒙古人民共和國”宣布成立。而到5年后，蒙古國政府正式宣布中斷哲布尊丹巴的轉世。

當八世哲布尊丹巴在洪流中全力掙扎時，七世章嘉則相對順風順水。章嘉與哲布尊丹巴不同，他雖是內蒙古最高宗教領袖，但歷世章嘉均以國師的身份常駐北京，并沒有如哲布尊丹巴在外蒙古一般與內蒙古的教民有著割扯不斷的緊密聯系；而其地位的尊榮，完全在于中央政府的扶持，至于這個中央政府是清朝皇帝還是民國總統，都并不重要。

1912年，外蒙古庫倫政府宣布“獨立”，并傳諭內蒙古、新疆及青海各蒙旗，要求他們“一體歸順”。七世章嘉早就發表聲明“贊成共和”，見中央政府需要，立即不辭勞苦，出面勸導王公們放棄獨立主張。袁世凱為酬其功，章嘉系統正式從大清帝國的國師轉變為中華民國的國師。

待到1927年，南京國民政府成為中國的中央政府，七世章嘉第一時間遣使致賀，表示擁護。而國民政府也投桃報李，1929年在南京設立“大國師章嘉呼圖克圖駐京辦事處”。1930年更任命七世章嘉為南京國民政府蒙藏委員會委員。1932年4月,國民政府又任命七世章嘉為“蒙旗宣化使”，委以勸導內蒙古服從中央的重任。而隨著日本的步步進逼，七世章嘉的“蒙旗宣化使”更進一步開始宣傳民族團結、御侮圖存。

“七七事變”后，日軍大舉進犯河北、山西，七世章嘉的駐錫地五臺山也暴露在槍炮之下。日人對之多方威逼利誘，希圖將之控制在手中。而七世章嘉不為所動，跟隨國民政府輾轉各地，宣傳抗戰。

抗戰勝利后，為表彰七世章嘉的功績，國民政府加封“護國凈覺輔教大師”尊號，并繼太虛法師之后當選為全國佛教會理事長。不但宗教地位登峰造極，政治地位也與日俱增：1947年行憲國民大會時當選為國大代表，1948年又被聘為總統府資政。

然而，抗戰的結束并非動亂的結束，而是另一場大變革的開始，國共之戰隨之全面展開，已經元氣耗盡的國民黨政府節節敗退，不過三年時間，江山易主已成定局。

七世章嘉也面臨著八世哲布尊丹巴當年的困局，一向無論中央是誰都尊奉之的七世章嘉這一回卻改變了“一定之規”，對國民黨政府不離不棄，于1949年從成都乘機飛往臺灣。

哲布尊丹巴世系的恢復

按說，哲布尊丹巴系統的斷絕比章嘉系統更早，境況也更為糟糕，為何在章嘉已無望重鑄輝煌之時，哲布尊丹巴卻能絕境逢生呢？而自1991年蘇聯解體后，曾是外蒙古的蒙古國已經宗教信仰自由，又為何遲到2011年，九世哲布尊丹巴才能回到自己的法座呢？

1924年八世哲布尊丹巴圓寂后，雖然蒙古國政府宣布廢除君主制，但僧團的喇嘛們仍然在博格達汗烏拉省(現色楞格省宗哈喇縣)找到一個名為圖德布·羅布桑道日吉的男孩，將之選定為八世哲布尊丹巴的轉世靈童，并向達賴和班禪申請認定。

此時，九世班禪因為與十三世達賴關系破裂而流亡中國內地，在得到申請后，認定了靈童。

但十三世達賴則認為，按照前清舊制，哲布尊丹巴除一、二世外，其余六世都在藏區轉世，因此沒有認定。

蒙古僧團的活動，使得蒙古國政府頗為緊張。1925年發布通告，指出轉世靈童的父親是應該被消滅的世襲貴族，這等于宣布了靈童的不合法。1929年2月,蒙古國政府正式作出決定，宣布從即日起不承認任何活佛的轉世。

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