李宗仁就認為，抗戰時期軍事指揮系統的最大缺點，即為蔣介石的越級親自指揮。“抗戰時他常直接指揮最前線的師長，內戰時期甚至直接指揮至團長。”指揮的方法為直接打電話或拍電報，故往往中央主管軍令和作戰的部門以及戰區司令長官、集團軍總司令、軍長均一無所知，事后方由侍從室主任通知軍令部。這使得中央作戰部門和前線高級指揮官嚴重脫節，小則引起誤會，大則誤事。例如1937年在晉北進行的忻口會戰前夕，歸第二戰區司令長官閻錫山管轄、駐扎于萬壽山的部隊在作調防時，由閻錫山“轉下之命令早發遲到”，而第一戰區司令長官蔣介石“徑下之命令遲發早到”，使得該部隊不知所措，幾乎錯移位置。在第三次長沙會戰中，作戰正緊張時，蔣介石一個電話將軍隊調亂，薛岳一時無法補救，被打得大敗，失了長沙。薛岳在一氣之下竟擅自將部隊撤至江西，氣憤地說：“跑遠一點，他（指蔣）電話便打不通了！”
值得一提的是，南京失陷后，重慶被國民政府宣布為戰時首都，但1937年12月5日，蔣介石把抗戰最高統帥部——國民政府軍事委員會設在武昌，他本人坐鎮武漢，指揮武漢大會戰。1938年10月武漢失守后，國民政府在武漢的機構和國民黨總裁、軍事委員會委員長蔣介石才移駐重慶。
抗戰勝利后的國民黨政府，在軍事上決定仿效美國，撤銷軍事委員會另成立國防部。1946年5月30日，國防最高委員會議決，裁撤軍委會及所屬一切機構。6月1日，國民政府國防部在南京正式成立。作為戰時領導體制的軍委會即被廢除。南京國民政府以軍委會作為全國最高軍事統帥部的時代從此結束。
侍從室：總裁的“軍機處”
抗戰時期，蔣介石一度集國防最高委員會委員長、軍事委員會委員長、國民黨總裁、國民政府主席、行政院院長等要職于一身。但是，他的日常辦公機構不是上述機關的辦公廳或秘書處，而是有總裁“軍機處”之稱的國民政府軍事委員會委員長侍從室。因為委員長一直由蔣介石擔任，這一機構也就被稱為蔣介石侍從室。隨著蔣介石權力范圍的擴張，侍從室的建制與職能也在不斷擴大，升格為與軍事委員會辦公廳平行并列的機構，并漸次凌駕于辦公廳之上。侍從室的核心第一處第二組和第二處第四組包攬了中央和地方黨政軍一切機要事務。前者的業務包括軍事行政、作戰指揮、軍需后勤等有關軍事的一切領域。后者“主管政治、黨務、秘書業務”、管轄范圍“包括行政院所屬各部會署，國防最高委員會和國民黨中央執行委員會??以及中統局特務組織等”，并負責處理各省市地方政府“向蔣請示匯報的文電”。侍從室各處主任均是蔣介石的嫡系，此時侍從室之權重，讓雍正時期的軍機大臣都會汗顏。
蔣介石經常以手令指揮黨政軍一切事務，手令的內容全面涉及黨務、政務、軍事、外交、經濟、財政、教育、文化、社會等國家管理的一應事務。1938年底，蔣介石相對穩定地駐在重慶，對駐地的中央黨政軍機關可以便捷地使用手令。蔣介石每天都要收到大量呈請、報告及建議事項的文電，多半直接以手令作出指示；他本人主動作出的一些決策、部署，或有所感觸，也主要以手令的形式傳達下去。但這些手令未必全部出自蔣介石的親筆，有時是由蔣口述，侍從秘書記錄整理，經侍從室第二處主任陳布雷作文字修飾后，再以“中正手啟”的名義用電報或代電發出。
侍從室主任一職，究其地位夠不上部長級，但其實際職權則遠非任何部長所能比擬。據曾做過蔣介石電話監聽員的王正元回憶，有一次，第九戰區有一個集團軍的建制和給養問題解決不了，多次向上請示軍委會都久拖未決。后來，戰區司令長官薛岳直接打電話給侍從室主任林蔚，帶著央求的語氣說：“蔚文兄，我的電報你都看到了吧？如果延擱下去會影響其他工作的，無論如何，要請蔚文兄想法幫忙，向委員長說一下。”幾天后，薛又打電話催詢，林回答：“昨天已經批轉下去，并轉令有關部門照辦了。”薛聽后忙不迭感謝林蔚。王正元說，就連驕橫跋扈的湯恩伯和擁重兵數十萬的“西北王”胡宗南，也對侍從室主任阿諛奉承備至。
侍從室的觸角伸得很長，許多事情都要介入，甚至對司法也不例外。1942年，在重慶出了一件大案，中央信托局運輸處經理林世良，勾結大成商行的章德武，大搞走私活動。一次從仰光到昆明一下子走私商品3000多萬元，林世良從中漁利1000多萬元。這時抗戰正處于最困難時期，而林世良之流竟大發“國難財”，輿論嘩然。但林世良的后臺正是“國舅”孔祥熙，法院不敢做主，將案件呈報到了侍從室。侍從室里的“智囊”們討論后認為，孔“國舅”的面子固然要考慮，但領袖在國人心目中的形象更為重要。權衡結果，陳布雷、于達、唐縱等人在呈批件上擬了個“判處死刑”的意見。蔣介石躊躇再三，最后還是同意了侍從室的簽呈，下令將林世良槍決。
令人談虎色變的“軍統”
作為蔣介石獨裁專制的另一工具，簡稱“軍統”的軍事委員會調查統計局更是盡人皆知。“軍統”的前身和班底是1932年春成立的三民主義力行社特務處。1932年9月，戴笠奉派為軍事委員會調查統計局第二處處長，將特務處掛靠在這一政府正式機構，以取得編制和經費，但不受這時期的軍統局領導。抗戰爆發后，蔣介石將軍事委員會調查統計局第二處擴編為軍事委員會調查統計局，簡稱“軍統”。局長由蔣介石指定侍從室第一處主任賀耀祖擔任，而負實際責任的則是副局長戴笠。改組后的軍統局人員由戰前的三四千人發展到七千多人，其成員大多是經過專門訓練的。從1938年開始，“軍統”先后在臨澧、黔陽、貴州、蘭州、重慶、漢中等地開辦各種訓練班。淞滬抗戰爆發，戴笠于1938年5月成立“忠義救國軍”，人數又達萬人。1942年后“軍統”人員竟達四五萬人之多。
“軍統”主要負責軍隊、政府、警察等部門以及對外的情報安全工作，但是由于軍統局成立后不久國民政府西遷重慶，形勢嚴峻，軍統局也擔負了一些諸如對行政機關、交通、金融等要害部門的監控，并因此引起了與另一特務組織“中統”（國民黨中央執行委員會調查統計局，隸屬于國民黨中央組織部）的權限沖突。據統計，自1937年7月至1945年8月，軍統局共收集對日軍事情報達百萬余件。根據這些情報，在諸多戰事（如武漢會戰、長沙會戰）開始前，戴笠及軍統局對日軍動向均作出過相當精準的預估。“軍統”電訊部門曾在1941年太平洋戰爭爆發前，成功地破譯到日本空軍準備在太平洋地區有重大舉動的情報，經由駐美大使館武官郭德權告知美國防部官員，但美方根本不予置信。珍珠港事件發生后，美國防部才意識到這一情報來源的重要性，便派員來華，尋求與“軍統”合作。雙方于1943年成立中美合作所，其宗旨為“在中國沿海與中國淪陷地區，及其他日敵占領區，打擊中美共同敵人”。“軍統”借此得到美國提供大量的武器彈藥、交通工具及醫療設備，前后開辦十多個中美合作訓練班，由美國教官培訓“忠義救國軍”、別動軍武裝，還幫助“軍統”培訓特警及美式高等特工。在鋤奸方面，先后刺殺了為日偽效力的上海幫會頭子張嘯林、偽上海市長傅筱庵、偽杭州市長譚書奎等。軍統還策劃在越南刺殺叛逃的汪精衛，其結果以錯殺曾仲鳴而收場。
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