事實上，新疆穩定形勢在不斷發生變化。上世紀80年代發生的動亂事件多定性為不明真相的群眾被極少數分裂勢力煽動蠱惑。到了90年代，新疆暴恐案件開始演變為有組織、有預謀、有明確政治目的的暴力行為，顯然已不是人民內部矛盾。

1988年5月，在全國政協任職的王恩茂提出“新疆的主要危險來自國內外的民族分裂主義”這一論斷，晚年一直堅持此論斷，直到1996年最后一次公開講話仍在強調這一點。王恩茂進一步指出民族分裂主義有兩個反動綱領：一是鼓吹新疆獨立，把新疆從祖國分裂出去；二是鼓吹民族仇恨、民族對立，反對別的民族，特別是仇漢反漢。

王恩茂意識到新疆統一和分裂的斗爭是長期的，有時甚至是很激烈的，反對民族分裂主義是關系新疆全局的頭等重要戰略。“但當時自治區領導層在這一認識上并沒有形成統一意見”，王北來對鳳凰網說，“有些干部不愿意提反對民族分裂主義，認為這個標簽一旦貼出來，對少數民族是一種傷害”。

1990年2月，王恩茂在自治區委員會第七次常委會上對此予以說明：“說反對民族分裂主義是打擊少數民族，完全是別有用心，挑撥民族關系。說這話的人只能說明他是民族分裂主義者，或者是同情民族分裂主義者。不能因為受到這種別有用心言論的影響，就不敢講反對民族分裂主義，不敢同民族分裂主義作斗爭，讓民族分裂主義猖狂地活動。那必將會犯歷史性的不可彌補的錯誤”。王恩茂也指出那些將民族分裂主義者等同于某一個民族的人，是非常狹隘的。

王恩茂還特別強調要加強思想戰線和意識形態領域的反分裂工作，絕不能讓民族分裂主義、地方民族主義者混進這一陣地。他指出文宣部門一方面要宣傳新疆自古以來就是中國不可分割的一部分的歷史觀；另一方面要批判新疆就是“東土耳其斯坦”的錯誤觀點，絕不允許反動的獨立的思想任意泛濫。王北來告訴鳳凰網，父親在反對民族分裂主義問題上，有很強的底線思維，“所有在這條線上含糊不清、軟弱、動搖的人都不能到重要崗位上，這是選拔新疆干部最重要的一條標準”。

1990年的這次講話中，王恩茂還指出“今后我們必須估計到新疆不僅有可能發生像過去那樣的事件，而且有可能發生更大的事件”。

王北來認為，正是當時一些人在反對民族分裂主義問題上的模糊立場，導致民族分裂主義抬頭。2個月后，巴仁鄉暴亂發生，直到此時，領導層才最終在反對民族分裂主義問題上形成統一認識。1996年，中央7號文件明確指出新疆的主要危險來自民族分裂主義和非法宗教活動。

在王北來看來，父親當時處理動亂問題的兩條原則，以及提出‘新疆的主要危險來自民族分裂主義’這一論斷，即使在今天也并不過時。

堅持信教自由也要保護不信教的自由

習近平4月底在新疆考察期間，明確指出“暴力恐怖活動根子是民族分裂主義，思想基礎是宗教極端”。而近兩年新疆警方通報的歷次暴恐案，都可看到暴恐分子“受宗教極端影響”的字眼，宗教極端主義成為新疆暴恐頻發的重要根源。

然而新疆宗教極端主義的興起，有著很深的歷史原因。翻閱《王恩茂文集》發現，早在上世紀50年代，王恩茂就曾指出“宗教界還可能有某些人發生違法活動，還有披著宗教外衣的反革命分子進行反革命活動”，“必須注意將違法和非法宗教活動區分，注意將披著宗教外衣進行破壞活動的反革命分子和盲目跟隨反革命分子的信眾注意區分開來。前者堅決打擊，后者堅持團結教育的方針”。

1988年5月14日，在自治區常委會上，王恩茂作了《維護祖國統一，反對民族分裂主義》的發言。在談到加強宗教工作時，他指出：禮拜寺恢復和新建的數量已經超過文革前的數量，應當適當控制；應該多修學校；培養愛國的、維護民族團結、擁護社會主義的宗教人士；要嚴格控制派往外國經文學校學習經文的人員；朝覲人員，一定要嚴格按國家規定派出。

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